Pensando en el beneficio de todos los integrantes de la familia tomasina, el Consejo Superior de la Universidad Santo Tomás presentó a la comunidad académica y administrativa la nueva estructura de la Sede Principal Bogotá, cuya intención es integrar procesos para brindar un mejor servicio, más ágil y moderno en nuestra Santoto. 
Esta transformación se da luego de la revisión de dicho Consejo al antiguo organigrama, elaborando una propuesta de ajuste a la macro estructura organizacional, que incluye modificaciones en la denominación, alcance y funciones de algunas unidades, direcciones, departamentos y oficinas. En sesión celebrada el 31 de agosto de 2023, el Consejo Superior estudió la iniciativa, aprobó los ajustes a la estructura y avaló aquellos propuestos relacionados con modificación al Estatuto, con el fin de que sean incluidos en la revisión y actualización del estatuto orgánico.
Finalmente, bajo Acuerdo n.º 39 del 25 de octubre del presente año, se dieron a conocer los ajustes en la estructura de las dependencias de la Rectoría General, la Vicerrectoría Administrativa y Financiera General, y la Vicerrectoría Académica General,